机关档案登记备份工作分为首次登记备份和常规登记备份两个阶段。

首次登记备份的具体程序为：列入档案登记备份范围的机关先填写《档案登记备份表》，并通过书面或计算机网络在线填写等方式进行报送；档案行政管理部门根据表格的信息，分批选择重要的、现实利用价值较高的、条件较成熟的机关单位先行开展数字档案备份工作，并根据各单位实际确定备份的方式、手段、时间等（如打包备份或规范化转换备份，在线备份或离线移交备份），具体工作由各级档案登记备份中心根据实际合理安排。

常规登记备份的具体程序为：列入档案登记备份范围的各机关单位应于每年机关年检工作开展前（一般应在9月底前）将上一年度形成的档案信息向相关档案行政管理部门办理档案登记，办理时填写《档案登记备份表》，此表格可以采用书面或者计算机网络在线填写等方式进行报送；各级档案登记备份中心根据表格的信息及时安排、实施数字档案备份工作，并根据各单位实际确定备份的方式、手段、时间等。