杭州市卫生局（简称市卫生局）原名杭州市人民政府卫生局，于1949年9月由杭州市军事管制委员会政务部卫生处改组成立。1956年6月更名为杭州市卫生局。1968年5月，建立市卫生局革委会。同年12月，市革委会工人毛泽东思想宣传队进驻，取代局革委会。1969年11月，建立市卫生革命领导小组。1970年3月，撤销革命领导小组，建立市卫生局革委会。1978年3月，恢复“杭州市卫生局”名称至今。
    市卫生局是主管卫生工作的市政府工作部门，其主要职能是：对传染病、公共卫生、劳动卫生、药品、医药生物制品、医疗器材进行监督，对医疗质量进行监控，对医务人员的从业资格和医疗机构的执业资格进行审批，组织医药科研攻关和科研成果推广，负责妇幼卫生保健等工作。
    1953年至2000年间先后担任局党委(党组)书记、核心小组组长的有：张剑、吴秀峰、蔡向军、林伟、宋汝镜、刘正吉、傅定祥、徐书怀、王学斌、王宝青、彭忠锦、邬丽娜。l949年至1976年间先后担任局长、局革委会主任的有：李兰炎、陈礼节、林伟、宋汝镜、蔡向军、刘正吉、傅定祥、徐书怀、王学斌、郑鑫华、彭忠锦、邬丽娜。
    该全宗内档案起止时间：1949年至2000年，共有案卷3204卷，排架长度为35.4米。于1987年和2007年分两次接收进馆。
    档案的主要内容如下：
    一、党群工作类：有党组统计年报、党委、民主生活会议记录；党、团组织介绍信；党、工会、共青团工作计划、总结、换届改选材料；干部任免、领导分工、落实政策、违纪案件处分材料；党建工作目标、“双评”工作材料；表彰党、工会、共青团工作先进材料；组织、宣传、政治思想工作活动计划、总结、党风廉政建设、纪委、监察工作的计划、总结；“双思”、“三讲”教育活动材料；整党工作计划、总结、简报等。
    二、行政管理类：有局长办公、局务会议记录；大事记、干部、公务员、劳动工资统计年报；工作计划、总结；组织机构设置、启用印章、更名、撤销、人员编制、医务人员从业资格和医疗机构执业资格审批的材料；职称机构建立、调整、专业技术人员（技师）任职资格、聘任、干部职工工资晋升、离休、退休、享受待遇、调动、出国政审等材料；工资基金和计划外用工计划；职工辞职、退职、违纪行政处分、表彰各类先进的材料；卫生行政执法活动材料；局制定的各种规章制度、编印的卫生动态、杭州卫生统计资料汇编；重要的来信处理复函；综合治理、基本建设等材料。
    三、医疗技术药品管理类：有医疗技术质量监控、管理、医疗技术操作规程、医疗卫生工作计划、规章制度、医院升级管理、医疗事故鉴定、药品质量管理、监督、医疗卫生科技管理等工作中形成的材料。
    四、卫生防疫妇幼管理类：有卫生防疫法律、法规、标准、卫生防疫工作计划总结；传染病、职业病、地方病防治、监测和初级保健考核、评估、义务献血、公费医疗管理、妇幼保健、社区卫生服务等方面工作中形成的材料。
    五、会计档案：有财务会计报表、干部职工工资名册等。
    六、特种载体档案：有1991—2000年本局组织的重大活动、召开重要会议以及医疗卫生防疫宣传教育工作中形成的照片及底片。