1927年5月杭州市政厅成立后，依照市组织法将市公安局第五科(掌管卫生行政)取消，建立了杭州市卫生局。同年9月，卫生局裁撤，其业务仍由市公安局增设第五科继续办理。1929年3月，市政府呈准于市府内增设卫生科，同时将市公安局第五科归并。次年12月为厉行紧缩之计又将卫生科裁撤，所有卫生行政事项由市府秘书处设置卫生专员两人综司其事。1931年9月，市政府恢复卫生科，直至1937年底因日军占领杭州及市政府西迁而停止活动。抗战胜利后的1945年9月，市政府回杭，恢复市府卫生科。1946年3月改称为杭州市政府卫生局，至1949年5月杭州解放止。其主要职责是：掌管医院、药房、医师、药师、助产士的管理，传染病防治、卫生行政的统计编辑，道路河流的清洁，屠宰场、菜场的管理，厝所、厕所的管理，公墓的设置与管理，饮食品的检验及管理等事项。
    1927年至1949年间先后担任局(科)长的有：金宝善、张信培、盛光远、翁文渊、盖宝璜、唐家珍、张振夏等。
    该全宗内档案起止时间：1941年至1949年，共有案卷27卷，排架长度为1.55米。于1987年接收进馆。
    档案的主要内容如下：
    一、综合方面：有市府卫生局局务会议记录；市卫生教育委员会会议记录、简章；浙江省会各界推行夏令卫生运动委员会筹备会议、常委会议的记录；杭县监所协进委员会组织规程、会议记录及文卷移交清册。
    二、组织人事：有关于机构设置、启用印信、人员任免、聘用、调动、辞职和复转军人安置的文件；所属单位员工名册、登记表及考核表；省政府人事集中管理办法；复转军人管理办法等。
    三、医政：有诊疗室、医院、药商等管理规则和办法；公、私立医院和民生药厂调查表；市府卫生局药械材料清册；关于从医人员管理、医事人员甄训、中医师考试的文件；市卫生警察训练班课程表和学员结业证书存根；短期职业训练班实施办法；浙江省属各县(市)卫生行政业务文件；公私教会医院诊所概况及训练机构数和卫生人员数。
    四、环卫、防疫：有各业卫生管理规则和办法；关于组织社会夏令卫生运动和机关、学校卫生大扫除及清洁检查的文件；乡村卫生公约；改善公井和公私土井消毒改良的文件；省内有关学校卫生、妇婴卫生、传染病、地方病等情况的文件。 
    五、屠宰：有关于屠宰、宰检、鲜肉、牛乳等业务规则；杭州市牛乳业一览表；市屠宰场调配调查表等。
    六、红十字会、红卍字会：有关于中国红十字会杭州国际分会调查表；世界红卍字会中华总会杭州分会的章程、誓词、理监事暨各股主任履历表、会员名册；施材各户姓名详细表及施材证存根；玉皇山难民收容所主任暨全体干事、部分难民的照片。
    七、其它：有关于全国公路交通安全促进委员会浙江省分会成立大会文件材料；交通部制定的汽车出入境联合登记办法；行车肇事责任鉴定委员会组织规程；公路交通安全措施办法及公路交通稽查取缔处罚细则；杭州市民众教育馆举办西湖划船和游泳比赛的办法等。