良渚文化在长江下游环太湖流域的整体性“消失”，从定鼎中原的夏王朝开始，经殷商至西周，在长达1500多年间，与中原地区夏商周三代辉煌的青铜文明形成鲜明对照，杭州经济、社会、文化的发展曾一度倒退返祖——农业衰退，玉器制造技术失传，渔猎与采拾经济又重返历史舞台。

春秋战国，群雄纷起，地处钱塘江（当时称浙江）两岸的杭州地区是吴越之争的重要战场。春秋初期，杭属越国，后属吴国，又复属于越。战国时期，楚灭越后，又成了楚国的属地。

 夏商周时期

当中原地区进入夏、商、周三代之时，杭州一带应属越池，然而因年代久远、史事不见于先秦史籍记载，唯后世方志别乘摭拾传闻，有所载及，然多于史无证。因此，人们只能从传闻和出土文物中揣测当时杭州的一些情况。

 据传，桐君是我国黄帝时代意为研究药物学而卓有成效的医药大师，黄帝命他与巫彭采药求道。桐君来到今杭州桐庐县境内桐君山，识草木金石性味，定三品药物。有人问他的姓名，他笑而不答，只指着身后的一刻梧桐树，人们便称其为“桐君”。

位于桐庐桐君山上的桐君雕像。

从出土文物来看，杭州地区在良渚文化“消失”几百年以后，一直是先民居住的聚落所在。在杭州市余杭区潘板、北湖、平窑、石鸽等地均发现不少的商周之时的印纹陶、鸭形壶及石戈、石矛等。1958至1959年，在杭州市区东北郊水田畈遗址发掘时，上文化层（即第三层）发现了十分丰富的商周时期的遗存，包括石斧、石刀、有段石锛、石镞等石器，陶纹轮、印纹陶罐等陶器，碗、豆、杯等原始青瓷，还有一些残玉器、残铜器以及灰坑、水晶等遗迹。

外，1953年在今浙江大学玉泉校区校园内发掘老和山良渚文化遗址时，发现了一座西周时期的土墩墓，出土有5件完整的印纹陶罐。旗标以曲折纹、回纹、弦纹为饰，造型庄重而古朴典雅。1979年余杭区瓶窑镇出土的一把西周时期铜匕首，呈浅褐色，圆柱形茎，首略呈喇叭形，茎及格上铸云雷纹，匕首中脊起棱，断面菱形，刃部锋利。

 春秋战国时期

春秋以降，地处今长江下游及杭州湾地区的吴国和越国先后崛起。两国争霸称雄，互攻不休，杭州便是当时重要的战场之一。

公元前494年爆发了第四次吴越战争。吴王夫差伐越，大败越军于夫椒（今江苏吴县西南太湖中庭西山），越王勾践战败以残兵五千退保会稽（今绍兴）。越国派大夫文种，以金玉美女（西施、郑旦）献给夫差作为媾和的条件，并贿赂了夫差的宠臣嚭。嚭说服了吴王夫差允许越王勾践称臣，越国成了吴国的属国。此后，吴越以钱塘江为界，杭州归属吴国，并为吴之南疆。今日市区西南的吴山，即因吴国南界而得名。

勾践获得了喘息的机会，苦心焦思，卧薪尝胆，于公元前473年灭吴，成为春秋末期五霸之一。公元前323年，楚怀王大败越兵，杀越王无疆，并于前306年消灭了越国，杭州纳入楚国版图。